Par abus de langage, le pingouin est souvent confondu avec les manchots, des oiseaux de la famille des sphéniscidés qui vivent dans l’hémisphère sud et ne volent pas. La principale raison de cette confusion est la ressemblance avec la plus grande des deux espèces de pingouin, le grand pingouin.

Une autre source d’erreur est la parenté étymologique entre le mot français pingouin et celui désignant les manchots dans les principales langues européennes comme pinguïn en néerlandais, pingüino en espagnol, Pinguin en allemand, pinguino en italien, penguin en anglais, пингвин (pingvin) en russe, ou encore pinguim en portugais.

Dans de nombreuses langues, deux termes différents sont utilisés pour désigner les deux espèces de pingouin, ce terme n’a donc pas de traduction exacte. En anglais, le terme Great Auk désigne le grand Pingouin, auk étant un terme générique désignant le plus souvent l’ensemble des alcidés. Le petit Pingouin est quant à lui appelé razorbill. En catalan ou en italien, respectivement les termes de gavot et alca sont en revanche utilisés comme en français pour désigner les deux espèces.